vdso — это не системные вызовы, а просто некоторая стандартная библиотека, в которую, судя по вашему описанию, вынесено то из системных вызовов, что не требует быть системным вызовом для работы (т.е. не требует ядерных привилегий). Отличие системного вызова от системно-бибилиотечной функции (того же glibc) в первую очередь как раз в том, что первый выполняется с повышенными правами.