Непереносимость глютена также может быть связана с изменением состава микрофлоры, есть сведения, что в присутствии молочнокислых бактерий глютен перерабатывается полностью еще до попадания в кишечник [2] , лактобациллы способствуют правильному расщеплению глютена и превращению в безвредные вещества, в то время как Pseudomonas aeruginosa расщепляет глютен до составляющих, которые вызывают воспаление кишечника [3] , также стоит отметить, что при переходе на безглютеновую диету может наблюдаться падение иммунитета и уменьшение количества полезных бактерий с увеличением вредоносных[4] , что показывает важную и неоднозначную роль глютена в нашем питании.