Спецификация JVM огромная, просить Mozilla реализовать её нереально, JVM возможно сложней чем весь браузер. Брать как есть — очевидно не вариант, слишком некачественный продукт. Дорабатывать там нечего, в теории-то всё хорошо, только на практике не очень. Ну и сказались вечные проблемы с установкой и старыми версиями, уж не знаю, как Sun умудрились так накосячить, но разбираться, почему твой апплет не запускается у очередного пользователя приходилось нередко. С флешем, например, такой проблемы практически никогда не стояло.