В целом получается, что хорошей реализации просто нет. Про NaCl не знаю, не сталкивался, возможно там свои проблемы были. Поэтому решили просто начать с чистого листа. Кроме того, как я понимаю, webassembly во многом использует существующий JS движок, поэтому и с реализацией получается не всё так плохо.