ההגייה המקורית בפי כותבי המקרא בתקופות קדומות אינה ברורה[3], משום שלפי מסורת חז"ל הגייתו הופסקה כבר במיתת שמעון הצדיק (תחילת תקופת בית שני),[4] ובאותה תקופה התחילו הכהנים לברך במקדש בשם "אֲדֹנָי" - חוץ מהכהן הגדול שהמשיך לברך בשם יהוה עד תקופת רבי טרפון הכהן (שלהי תקופת בית שני);[5] כאשר שם יהוה בא במקרא בסמוך לשם "אדוני" אזי נהגה כ"אלוהים".[6][5] שחזור לשוני של השם המקובל בקרב חוקרים הוא "Yahweh" [יַהוֶה][5], שהוצע בידי וילהלם גזניוס; השחזור מתבסס על תעתיק יווניים קדומים כגון Ιαουε ו־Ιαβε, על כך שהשם 'יָהּ', כמו גם תבניות שמות תאופוריים "יהו"/"יו", מהווים ככל הנראה קיצור של השם "יהוה", וכן על סמך ההשערה שהשם הוא צורה פעלית, על בסיס הכינוי "יהוה צבאות"; כמו כן, זוהי ההגייה המקובלת בפי הכהני